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农业部南京农业机械化研究所创建于1957年，地处古城南京钟山风景区南麓，占地12公顷，拥有建筑面积5万余平方米。在职职工247人，其中研究员12人、高级工程师63人、工程师71人。
经过四十多年的建设，我所现已形成耕作、种植与收获机械工程、植保机械工程、农产品加工工程、节水农业与保护性耕作工程、农业资源开发及设施农业工程、宏观信息工程等主要优势学科.除科研部门外，我所下设国家植保机械质量监督检验中心、农业部植物保护开放实验室、农业部南京农业机械化研究所检查中心、农业部植保与清洗机械质量监督检验测试中心、机械工业耕作机械产品质量检测中心、农业部微型发电设备质量监督检测中心、农业部南方种子加工工程技术中心、农业部南京设计院等单位。
2004年，经农业部批准，我所成立了中国农业科学院农业工程技术中心，努力探索农业工程技术与经济结合的新途径，加强科技成果向生产力转化的中间环节，推动集成、配套的工程化成果向整个农业领域辐射、转移与扩散，促进农业工程技术产业的崛起和传统产业的升级改造。
建所以来，共获得各类科研成果1300多项，各类科技奖励160多项，其中国家、部、省级奖励120多项，国家发明和实用新型专利近百项。我所与世界诸多国家和地区科研机构有技术交往，在农业工程技术领域享有较高声誉。
发展目标：以科学研究为根本，以产业开发为动力，以社会服务为依托，以管理创新为抓手，坚持科学研究、产业开发和服务社会三位一体，优化结构，拓宽领域，立足江苏，面向全国，经过努力，逐步把南京农业机械化研究所建成国家农业工程技术创新中心、国际农业工程技术合作与交流中心、南方农业工程技术产业孵化中心和国家农业工程技术人才培训中心。
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