福建省药学会（原名中国药学会福建分会）成立于1943年6月。1991年8月1日由福建省民政厅核准登记为社团法人，并更名为福建省药学会，对外交往中可继续使用中国药学会福建分会印鉴。1944年至2008年先后召开了第2~12次会员代表大会，现有会员3839人，高级会员54人，团体会员45个。现任理事长朱东海，常务副理事长张炳祥，副理事长：刘锡钧、陈崇宏、郑卫、林建安、朱发进、王长连、徐燕和、潘杰、林辉、王跃仁、翁加兴、余雄智、吴晓华，秘书长：林建安（兼），副秘书长：潘亚生、林羽、黄庶亮、吴君国、张文华、宋洪涛、王少明。
药学会设有药剂、药化、药理、药分、抗生素、中药与天然药物、药事管理七个学科专业委员会，并设有秘书处、组织工作、学术工作、编辑出版工作、科技开发工作委员会及药学咨询部等办事机构，每个学科定期召开学术交流会。药学会主办一种学术期刊《海峡药学》（月刊），刊号CN35-1173/R。
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