蛋白质按原料来源可以分为动物性蛋白和植物性蛋白两大类，其中鱼粉、肉骨粉以及血粉等含有丰富的动物性蛋白，由于这些蛋白所含的氨基酸与鱼生长所需的氨基酸相似，所以这种蛋白不单纯吸收率高，而且还有吸收快，对水质污染程度低等优点，因此优质的水产饲料的蛋白应以这种动物性蛋白为主。而棉籽粕、苜蓿粉、菜籽粕等以含有植物性蛋白为主，用这种原料为主生产出的水产饲料鱼类对其吸收率低，吸收慢，对水质污染较严重，容易引起鱼体发病。

　　从本质上来讲，鱼类对蛋白质的吸收利用就是对必需氨基酸的利用，这是因为蛋白质是由氨基酸构成的。植物性蛋白所含的鱼类必需氨基酸较少，这是水产饲料偏重动物蛋白的根本原因。只要克服这一障碍，水产饲料才能超越对动物蛋白的依赖。