（1） 配合饲料加工工艺会降低其活性的关键点：配合饲料加工过程中粉碎、混合与制粒等都会造成发酵豆粕中有益代谢物活性损失或变性，而危害最大的是制粒与膨化过程中高温、高湿与挤压作用。制粒时需要通入4-5%的蒸汽，使物料温度升温约50℃，物料与压模、模孔之间的摩擦，会升温5-20度，从而使制粒后颗粒温度达到70-90℃，甚至100℃。

　　在制粒调质时，温度只有在70℃以上才能使粉料糊化并在调制器中停留15S或稍长时间才能达到最佳制粒效果所需要的15.5-17.5%水分含量，在这样的高温高湿环境下，发酵豆粕中的有益代谢物活性会不同程度的降低。如不耐热的乳酸菌与酵母菌可能会杀死，而较耐热的 芽孢杆菌仍以营养体的形态存在。通常膨化温度在120-150℃，虽然饲料在如此高温下仅停留5-15S，但是大多数的有益菌代谢物都会不同程度的损失。

　　动物消化道内环境很复杂，消化道不同部位，其内容物的停留时间和pH值不同。发酵豆粕中的有益代谢物会受到消化道内胃酸、胃蛋白酶和胰蛋白酶的作用而丧失部分活性。低pH值、胃酸、胃蛋白酶与胰蛋白酶等这些内源酶均可使发酵豆粕中的复合酶活性降低。食糜在胃和肠道停留时间较长，特别是小肠停留时间最长，并且小肠是营养物质消化吸收的主要部位，如何使有益代谢物中的酶通过肠道前段的酸性环境并在小肠段保持较高活性，是生产发酵豆粕饲料正待解决的问题之一。 动物消化道中不同的pH值对有益菌代谢物复合酶的影响最大，在实际生产中，虽然影响有益代谢物活性的因素很多，但是动物体内胃酸对代谢物的影响无疑是最大的。

　　（3） 发酵豆粕是唯一能同时解决发展以低污染、低排放、低能耗为特使的绿色、低碳畜牧业所面临的饲料安全、环境污染与饲料成本上涨这三大问题的蛋白质饲料原料。然而发酵豆粕不是简单作为优质植物肽蛋白饲料应用到畜禽日粮配合，我们不仅要关注其蛋白与肽的含量以及大豆抗原的去除程度，还要关注其所含益生菌的种类与数量、微生物代谢产物如酶及抑菌物质的真实有效性与针对适用性。

　　（4） 使用发酵豆粕类原料代替鱼粉或其他的优质蛋白原料的畜禽日粮，有时会出现小猪拉稀、生产性能下降与成本增加等负面效应，以至部分客户认为发酵豆粕是概念炒作或质量问题。事实上在发酵豆粕的应用时，如果饲料营养价值本身已经能很好的满足畜禽生长与生产，再用发酵豆粕就会增加成本。所以如果是营养价值本身较高料可以适当的进行配方的调整，不仅可以体现发酵豆粕的价值还可以降低部分成本。

　　（5） 随着发酵豆粕的普及，越来越多的人认识到发酵豆粕与日粮中其他的饲料原料因组合效应而使得这些原料有效营养（如代谢能、可消化氨基酸、有效磷及其他矿物质利用率的提高等）得到增加，并在设计日粮配方时把这部分增加&lsquo的有效营养考虑进来，一方面使用更多的低价格原料，特别是非常规原料，从而降低成本，另一方面，可以调整日粮的饲养标准、降低营养水平。那么调整的依据是什么？调整的幅度是多大？调整的效果是否可以量化和预测？却需要进一步的进行研究和实践。

　　猪e网网友认为发酵豆粕与日粮中其他原料的组合效应具有巨大的意义：

　　（一）为生产低抗原或无抗、绿色、安全饲料奠定物质基础（二）可以生产能被畜禽高效利用、低排放的环保绿色、低碳的日粮，减少排放对环境的污染。（三）可以降低饲料成本，提高畜牧业的经济效益，体现在以下：1.合理利用与节约饲料资源，减少饲料原料的用量；2.利用非常规饲料原料，降低成本；3.减少对鱼粉等优质动物源性蛋白原料的依赖；（四）由于饲料间的组合效应不仅涉及饲料自身的营养潜力，而且涉及激发动物自身利用营养物质的潜力，从而破除传统动物营养概念的局限，为动物营养研究提高新的思路。