1、烧根，烧苗，熏棵，死棵
使用发酵不彻底的鸡粪后，当达到合适的温度湿度时，鸡粪便开始发酵，发酵产生的热量会烧苗、烂根、黑根、黄叶、黄化，严重时导致植株死亡。

2、盐化棚内土壤，果实不开个
连年使用鸡粪，土壤中存留大量的氯化钠盐，平均每6方鸡粪含盐分30-40公斤，而每亩地含10公斤盐分已经严重制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，出现植株生长异常，花蕾稀落，果实不开个等减产现象，显著制约了作物产量和质量的提高。

3、酸化土壤，诱发各种根际病害和病毒病害
由于鸡粪pH值约在4左右，属于极酸性，会酸化土壤，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，鸡粪携带的大量病毒病菌，在湿度和温度一旦达到就会爆发病害。

4、滋生根结线虫
鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。

5、带入抗生素，影响农产品安全
鸡饲养过程中，饲料中国含有大量激素，防治病害也会使用抗生素，这些都会通过鸡粪带入土壤，影响从农产品安全。

6、产生有害气体，熏棵、死秧
产生有害气体，熏棵、死秧：鸡粪在分解过程中产生甲烷、氨气等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更严重的是产生的乙烯气体抑制根系生长，也是烧根的主要原因。

7、连年使用鸡粪，造成根系缺氧
连年使用鸡粪，造成根系缺氧：长势不旺：鸡粪施入土壤中，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。

8、重金属超标

重金属超标：鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，污染地下水源和土壤，有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。