薪酬功能审计的另一个关键在于审明薪酬功能与人力资源管理其他功能之间的整合程度。人力资源功能的整合是高绩效工作系统的一个基本特点,而高绩效工作系统本身就是一个战略实施系统,它根植于公司较大的战略执行系统之中,人力资源系统和较大系统的许多不同方面都存在相交点,也许在同一方面还与人力资源系统的诸多要素有重合之处。公司必须经常不断地强化这种意识,明了人力资源系统各要素之间是否匹配恰当。也就是说,知道人力资源在多大程度上加强了各个要素之间的联系,还是在多大程度上导致了各要素之间的冲突。例如,一家公司可能把高于市场的工资政策和全面性绩效管理系统进行整合。这种整合使得该家公司有一大批才能出众的求职者,培养了一大批高绩效的公司员工,并且认可和奖励那些高绩效的优秀员工。与此相对比的是,当人力资源系统各要素存在冲突时,组织鼓励员工组成团队一块工作,然后根据每个人的贡献大小提供加薪和升迁(布莱恩•贝克、马克•休斯理德、迪夫•乌里奇,2002年)。