农药除了毒死农业害虫害兽之外，也会直接或者通过食物链间接危害其它生物，例如植物、蚯蚓等土壤动物、蛙类、蛇类、猛禽等等，使它们的繁殖和生存受到威胁，进而使生物多样性受到威胁。
农药会导致土壤质量下降，引发土地板结、石化或沙化等现象；部分农药更会挥发到空气中或污染河流和地下水源；持久性农药极难在自然环境中分解，会在环境中累积，污染泥土及水源，并进入食物链。
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