坚持基本原则：一是坚持农村基本经营制度；二是坚持农民专业合作经济组织基本性质，合作组织是以农户为主体的具有专业性、技术性、经济性的合作组织，它区别于一般的社会团体，以社员服务为宗旨，属于企业组织，但又有别于对内对外以盈利为目的的一般企业组织；三是坚持因地制宜，多种形式并举。紧紧依靠农民，合作经济组织牵头人可以是农村专业生产、经营大户、有技术专长的农民技术员或专业技术干部，也可以是龙头企业，还可以是农业技术推广部门、社区性合作经济组织、农副产品加工企业和流通企业等牵头兴办，做到谁有能力谁就牵头。不管谁牵头，都要坚持做到以农户为主体；四是坚持开放性与多元性。农民专业合作经济组织可以跨村、跨乡镇、跨县，不受地域社区限制；合作的要素重点是产前、产后服务项目，产中主要是搞好技术培训。可以是产品合作，也可以是技术、信息、资源合作，还可以在会员内部搞资金合作；五是坚持围绕主导产品和支柱产业发展。逐步成长为当地经济增长点和农民收入的重要来源；六是坚持与推进产业化相结合。

坚持“民办、民管、民受益”原则，构建良好的运行机制。坚持民办是前提。以农民为主体，农民成员应占成员总数的90%以上；坚持民管是基础。实行民主决策、民主管理和民主监督，在内部建立健全自我管理运行机制，社员大会或社员代表大会是合作组织的最高权力机构，由社员大会或社员代表大会选出理事会和监事会，为合作组织的执行机构和监督机构；坚持民受益是核心。农民参加合作组织一定要得到实惠，这是合作组织的生命力所在。

内部服务上坚持“服务系列化、经营实体化”的原则。为成员提供多功能、全方位服务的同时，增强为民服务的实力。二是自主经营、自负盈亏、对内服务与对外利润最大化的原则。

坚持发展中规范，规范促进发展的原则。发展合作组织必须根据本乡镇、本村条件和农民迫切需要，选择适当的组织形式。从重庆农村看农户规模小，产品量不大，农民的市场意识差，大多面临“买难”、“卖难”等问题。因此，首先考虑为农民解决“卖难”问题，重点发展专业协会、专业合作社和行业协会。当合作组织发展到一定规模后，需进一步解决的问题就是合作组织间的合作和联合。

坚持因地制宜，结合实际的组建原则。组建中不能拘泥于一个标准。一是推选发起人，社长由成员民主选举确定。二是制订《章程》。从上至下，再从下至上，反复讨论，取得多数成员的赞同，共同按《章程》行事。三是以个人社员为主体，可以有团体社员，与单个社员享有同样的权利。入社自愿，退社自由，互相合作，一人一票。合作组织的社员不受地域限制。合作组织的财产归社员共有而不是归社区经济组织集体公有。合作组织允许从事本专业的非农民参加。一般应控制数量。四是遵循退社应按一定程序原则。合作组织一方面允许社员退社，这是社员的权利；另一方面，退社应坚持必要的程序，处理好债权债务。五是交会费、股金问题。合作组织有的要求交会费，有的要求认购股金，有的既要交会费又要求认购股金，有的不要求交纳任何费用。六是坚持惠顾原则。这是国际合作社通行的原则，按社员提供的交易量返还合作组织的盈余。七是登记注册问题。按国际惯例，需要以一种介于公益性团体和企业之间的中间法人，即合作社法人进行登记。八是村社集体经济组织、乡镇政府大力扶持原则。村社集体经济组织要在土地、基础设施等方面给予支持；乡镇政府要在政策上给予大力扶持和帮助。政府的职责是扶持、引导、服务、规范，要严格禁止把农民专业合作组织作为乡镇政府的实体，严禁平调、挪用农民专业合作组织的资产，上级支持农民专业合作组织的资金，乡镇政府、村委会不得克扣、挪用。