经营目标不同。股份制企业以利润最大化为目标；专业合作组织具有追求利润和为其成员提供服务的双重目标。

生产资料占有使用形式不同。股份制企业通过发行股票或募集股本形成企业的资产，财产的所有权与经营权相分离；专业合作组织所形成的企业财产承认其所有权不变，财产的所有权与经营权可以合一，也可以分离。

管理原则不同。股份制企业一般对股东入股多少没有限制，股票可以买卖或转让，但不能退股，按掌握股份的多少决定权力的大小，实行一股一票的管理原则；专业合作组织一般对成员入股的多少有限制，各成员拥有股份的数量差别不大，股份只是入社的条件，不是有价证券，不能买卖，但可以退股，实行一人一票的管理原则。

分配原则不同。股份制企业实行按股分红；农民专业合作组织则安照股份、投资额或成员惠顾量分配为主。