成员组成不同。专业协会的成员以农民为主体；行业协会的成员以企业、科研与技术推广单位、专业合作组织等团体会员为主体。
职能不同。专业协会是农业生产经营组织，从事农业生产、加工和销售；行业协会是社团组织，主要为成员提供咨询服务，具有行业协调职能，不直接从事生产经营。
区域范围不同。专业协会多在县、乡、村范围内组建；行业协会多在地市以上范围内组建。
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