在农民专业合作组织与政府的关系中，政府对合作组织干预的目的、范围都应当有一个明确的界限，确保政府对合作组织发展能够起到引导和扶持作用；专业合作组织要按照自己的章程开展活动，确保专业合作组织独立自主经营、自负盈亏的地位。作为政府要利用各种可利用的手段和力量，对农民、对有关部门的工作人员进行合作运动的教育和培训，大力提高人们对合作经济的认识水平；要依法支持合作组织的经营活动，逐步规范合作组织的运营机制，维护合作组织合法的经济地位和社会地位；要制定必要的政策、规章，对新发展起来的合作组织给予必要的经济、技术、信息等支持；要建立专门的规章制度，约束和规范政府部门及工作人员对专业合作组织运营活动的干预行为。