农村税费改革的根本出发点是减轻农民负担，在农民减负的同时，乡镇政府和村级组织出现了不同程度的收支缺口，如何解决基层政权组织的收支缺口，确保基层政权的正常运转？首先，试点地区要通过转变职能、精简机构、削减开支、调整支出结构予以消化。同时，考虑到农村税费改革对地方财力的影响较大，且主要集中在财力较为薄弱的农业省份的县乡两级，这些地方由于多种原因财政本来就比较困难，因而完全依靠地方政府消化这个收支缺口有一定难度。为了确保改革的顺利推进和基层政权的正常运转，中央财政将给予必要的财力补助。中央对地方的转移支付资金，将按照统一规范、公正合理、公开透明并适当照顾民族地区等原则，采取规范办法分配到各地。在中央财政加大转移支付力度的同时，要求省级政府也要积极筹措资金，宁可少上几个项目，也要拿出钱来，支持农村税费改革。有条件的市和县也应安排一些资金对乡、村改革给予补助。中央、省、市各级财政转移支付资金为顺利推进农村税费改革提供了必要的财力保障。

为充分发挥财政转移支付资金的作用，管好用好这部分资金，中央对农村税费改革转移支付的原则、核定依据、使用管理等方面都做出了明确规定。

中央对地方的财政转移支付资金管理应遵循以下原则：一是力求合理、规范、公正。在对现有乡镇统筹费开支项目进行合理界定的基础上，由中央财政选取相关因素，按照统一公式给予适当补助。二是体现对贫困地区、少数民族地区的重点支持。农村税费改革后，耕地面积相对较少的地区，财政减收比较多。这些地区主要集中在山区、库区等贫困地区，地方财政承受能力有限，因此，中央财政将给予重点支持。三是统筹兼顾，区别对待。农村税费改革后，地方政府要按照建立公共财政框架的要求，采取精简机构和人员，提高政府工作效率等措施，积极消化因改革带来的财政压力。中央财政在确定对地方的补助数额时，要考虑不同地区财政减收的承受能力，区别对待，对减收较多和财政困难的地区，中央多补助一些。

中央确定转移支付数额的客观依据是：改革前乡统筹费和村提留开支中用于民兵训练、乡村两级办学、计划生育、优抚和乡村道路建设的经费，税费改革后由于降低农业特产税税率和取消屠宰税而减少的财政收入数额，以及根据农业人口、计税土地面积、农业税收收入占地方财政收入比重、在校师生人数等客观因素计算的转移支付系数。

对财政转移支付资金的使用和管理，一是要健全转移支付制度，规范转移支付办法，提高转移支付的透明度，加大对转移支付资金监管的力度。二是要突出转移支付资金使用重点。县、乡两级政府在安排中央和省两级财政转移支付和本级财政支出时，要首先用于发放教师、公务员等人员工资，确保乡村两级基层组织正常运转和农村中小学正常经费需要。三是要加强对中央转移支付资金使用的监督管理，防止截留挪用。对截留挪用转移支付资金，以及继续搞“三乱＂加重农民负担的，除相应扣减该地区下一年度的转移支付资金外，还要对直接责任人员和有关负责人给予纪律处分。