《农民专业合作社法》第六条规定，国家保护农民专业合作社及其成员的合法权益，任何单位和个人不得侵犯。此处所指的“农民专业合作社及其成员的合法权益”主要包含如下内容：

1.农民专业合作社合法权益

(1)财产权利。《农民专业合作社法》第四条第二款规定，合作社对成员出资、公积金、国家财政补助形成的和社会捐赠形成的财产，享有占有、使用和处分的权利。这一规定旨在明确合作社对上述财产享有独立支配的权利。本条第二款同时规定，农民专业合作社以上述财产对债务承担责任，这是合作社行使财产处分权利的重要形式。同时，合作社作为独立的法人，依法享有申请注册商标和专利的权利。

(2)依法享有申请登记字号的权利，其字号受到相关法律保护，任何单位和个人不得侵犯。

(3)生产经营自主权。农民专业合作社作为独立的、平等的市场主体，在其成立之后享有生产经营自主权，其生产经营和服务的内容不受任何其他单位或者市场主体的干预。

(4)通过诉讼和仲裁保护自身权利。农民专业合作社作为法律认可的民事主体，在日常经营活动中，如其合法权益受到侵犯，可以依法通过诉讼和仲裁的方式维护自己的合法权益。

2.农民专业合作社成员的合法权益

(1)经济权益。主要体现在三个方面：

①对出资的支配权利。合作社成员的出资在本质上是将其个人拥有的特定财产授权合作社进行支配。在合作社存续期间，合作社成员以共同控制的方式行使对所有成员出资的支配。

②农民专业合作社应当为每个成员设立成员账户，如实记载该成员的出资额、量化为该成员的公积金份额和该成员与本社的交易量(额)。一方面是作为成员参加盈余分配的重要依据，另一方面也说明了成员对其出资和享有的公积金份额拥有终极所有权。即按照《农民专业合作社法》第二十一条规定，成员资格终止的，农民专业合作社应当按照章程规定的方式和期限，退还记载在该成员账户内的出资额和公积金份额;对成员资格终止前的可分配盈余，依照本法第三十七条第二款的规定向其返还。同时，明确资格终止的成员应当按照章程规定分摊资格终止前本社的亏损及债务。

③盈余分配。我国农民专业合作社盈余分配制度，一方面，为了体现合作社的基本特征，保护农民成员的利益，在《农民专业合作社法》第三条第五项确立了农民专业合作社“盈 余主要按照成员与农民专业合作社的交易量(额)比例返还”的原则，并且，返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十。另一方面，为了保护投资成员的资本利益，《农民专业合作社法》规定对惠顾返还之后的可分配盈余，按照成员账户中记载的出资额和公积金份额，比例返还于成员。同时，合作社接受国家财政直接补助和他人捐赠所形成的财产，也应当按照盈余分配时的合作社成员人数平均量化，以作为分红的依据。

(2)民主权益。通常所说的农民专业合作社的民主权益，一般是指“民办、民管、民受益”。《农民专业合作社法》强调的民主是指成员主体地位的平等，具体包括执行权、决定权、选举权和监督权。《农民专业合作社法》第十六条规定，农民专业合作社成员参加成员大会，并享有表决权、选举权和被选举权，按照章程规定对本社实行民主管理;按照章程规定或者成员大会决议分享盈余;查阅本社的章程、成员名册、成员大会或者成员代表大会记录、理事会会议决议、监事会会议决议、财务会计报告和会计账簿。