自1979年开始市场化改革以来，为了配合整个经济体制改革的推进、推动农村经济、金融市场化的发展，农村金融体制也进行了一系列的改革，基本上经历了以下三个阶段：

　　第一阶段：1979～1993

　　这一阶段的主要改革措施和政策方案主要是恢复和成立新的金融机构，形成农村金融市场组织的多元化和竞争状态。包括：

　　①1979年恢复中国农业银行，并改变了传统的运作目标，明确提出大力支持农村商品经济，提高资金使用效益；

　　②随着人民公社体制的瓦解，农村信用合作社也重新恢复了名义上的合作金融组织地位。农村信用合作社也不是农业银行的基层机构，但它接受中国农业银行的管理；

　　③放开了对民间信用的管制，允许民间自由借贷，允许成立民间合作金融组织，例如80年代末首先在四川省成立的农村信用合作基金会。同时允许成立的还有一些农业企业的财务公司，企业集资异常活跃；

　　④允许多种融资方式并存，包括了存款、贷款、债券、股票、基金、票据贴现、信托、租赁等多种信用手段。

　　第二个阶段：1994～1996

　　在第一阶段改革的基础上，这一阶段的改革更明确了改革的目标和思路，提出了要建立一个能够为农业和农村经济发展提供及时、有效服务的金融体系的口号。更具体地说，这一农村金融体系包括以工商企业为主要服务对象的商业性金融机构（中国农业银行），主要为农户服务的合作金融机构（中国农村信用合作社），支持整个农业开发和农业技术进步、保证国家农副产品收购以及体现并实施其它国家政策的政策性金融机构（中国农业发展银行）。为此：

　　①于1994年成立中国农业发展银行，试图通过该银行的建立将政策性金融业务从中国农业银行和农村信用合作社业务中剥离出来；

　　②加快了中国农业银行商业化的步伐，包括全面推行经营目标责任制，对信贷资金进行规模经营，集中管理贷款的审批权限，等等；

　　③继续强调农村信用社商业化改革。根据国务院1994年关于金融体制改革的决定，计划在1994年基本完成县联社的组建工作，1995年大量组建农村信用合作银行。不过，实际进度大大落后于这一阶段所设计的目标。

　　另外一个重要的政策变化就是规定农村信用合作社不再受中国农业银行管理，农村信用社的业务管理，改由县联社负责；对农村信用社的金融监督管理，由中国人民银行直接承担。

　　第三个阶段：1997～今

　　在经历了亚洲金融危机和1997年开始的通货紧缩后，在强调继续深化金融体制改革的同时，对金融风险的控制也开始受到重视，客观上强化了农村信用合作社对农村金融市场的垄断。主要体现在：

　　①开始在国有专业银行中推行贷款责任制；

　　②收缩国有专业银行战线。1997年中央金融工作会议确定了“各国有商业银行收缩县（及以下）机构，发展中小金融机构，支持地方经济发展”的基本策略，包括农业银行在内的国有商业银行开始日渐收缩县及县以下机构；

　　③打击各种非正规金融活动，对民间金融行为进行压抑。1999年在全国范围内撤消农村信用合作基金会，并对其进行清算；

　　④将农村金融体制改革的重点确定到对农村信用合作社的改革上，且进入2003年以来这一政策趋势日益明显且力度不断加大。包括：放宽对农村信用合作社贷款利率浮动范围的限制、加大国家财政投入以解决农村信用合作社的不良资产问题、推动并深化信用合作社改革试点工作等等。2003年11月底8省（市）（浙江、山东、江西、贵州、吉林、重庆、陕西和江苏）农村信用社改革实施方案经国务院批准，这标志着深化农村信用社改革试点工作已进入全面实施阶段。