近年来，根据农村流通现代化和农业产业化经营发展的要求，各地供销合作社进一步加快了基层社改革步伐:按照市场经济需要，逐步进行了建制调整，完善了内部管理机制;大力发展专业合作社、综合服务社和专业经济协会，积极参与农业产业化经营;加快了基层服务网络的现代化改造步伐，开展了日用消费品和农资连锁经营。经过几年的发展，基层社逐步摆脱了困境，走出了低谷，管理体制有所创新，内部机制逐步搞活，经济实力和为农服务功能显著增强。 
    （一）基层社建制调整工作进展顺利，体制创新步伐加快。截至2005年底，基层社数量从2000年的28810个缩减到2005年的22263个，减少了22.7%。在此基础上，各地积极组建中心社或实行一县一社，大大减少了管理机构和管理人员。但基层社的为农服务网络不仅没有减少还得到不断发展，各地在改革中坚持“合作社旗子不倒，为农服务阵地不丢”，采取撤社留店、空白建点等方式，维护了供销合作社基层服务网络的完整。2005年末基层社共有法人企业25332个，产业活动单位202136个，占全系统所有网点的一半左右。各地供销合作社以实施产权和劳动用工制度改革为突破口，积极推进内部管理体制改革。目前，基层社职工由2000年的171.96万人减到42.99万人，减少了75%，每一个基层社平均职工由60人减到19人;富余人员得到分流，新的劳动用工制度和经营管理体制逐步建立。这一系列改革措施的顺利实施，为基层社的进一步发展奠定了基础。 
    同时，针对长期计划经济体制造成的一系列问题，各级供销合作社决定从解决管理体制和经营机制入手，加快基层供销合作社体制创新步伐。一是坚持改造与新建并举以新建为主的原则，积极改造原有基层社，按照市场经济发展需要，组建新的基层社、中心社盘活资产、搞活经营。二是逐步完善合作社管理体制。按照合作制的基本原则要求，密切与社员的经济联系，建立健全理、监事会制度，民主管理、民主监督，增强基层社的活力和生命力。三是根据当地农业和农村经济发展需要，积极发展农村各类合作经济组织。吸收农民、专业大户和职工入股，采取职工领办、引导农民合办、与村委会联办等多种方式发展专业合作社、综合服务社、专业经济协会等基层组织，完善基层社组织体系，扩大农村服务覆盖面。 
  　（二）基层经营服务网络现代化改造步伐加快。适应农村流通现代化的需要，各地供销合作社充分利用遍布城乡的网点优势，通过资产置换、招商引资、网点改造或寻求与大中型连锁企业合作等形式，加快现有流通设施的改造升级，建立以连锁、配送、超市、加盟店等为主要内容的现代流通网络体系，取得了积极进展。目前全系统近50%的基层经营服务网点得到改造或业态转换，35%的商品经营网点被纳入了连锁经营配送体系，发展连锁、配送网点11万个。在商务部“万村千乡”市场试点中，基层社新建和改建的农家店所占比重近60%。农业生产资料、日用消费品、再生资源、烟花爆竹和农产品流通等供销合作社传统业务在基层逐步恢复和发展，农村市场占有率逐步提高。以县为中心、基层社为骨干、农村综合服务社和便民超市为终端的县乡村三级农村现代流通服务网络建设取得阶段性成果。如莒南县供销合作社采取流通龙头企业带动，基层社牵动，村级经营网点联动的发展模式，在县城12个大中型超市的带动下，在18处乡镇基层社开办1000平方米以上的日用品超市36家，农资超市18家，各类连锁店、加盟店等120多处，村级连锁经营网点900多处，形成了县、乡、村三位一体的现代化经营服务体系，连锁经营网络覆盖了全县乡镇和村庄。 
    （三）基层社经营效益逐年上升。截至2005年底，基层社实现商品购销额2617.3亿元，实现消费品零售额603.7亿元;基层社的亏损面逐渐下降，从2000年的28.2%下降到目前的9.4%，尤其是2002年一举扭转了基层社连续12年亏损的局面，基层社不仅实现了扭亏为盈，并且盈利额从2002年100万元增长到2005年的2.2亿。 
    （四）新的供销合作社基层组织得到快速发展。为进一步夯实供销合作社的组织基础，各地充分利用基层社现有人才、设施、经营网络等资源，采取多种形式，积极发展专业合作社、专业协会、综合服务社及连锁超市。目前，全系统共发展专业合作社19149个，入社农户499.53万户，帮助农民实现收入157.05亿元;发展各类专业经济协会5131个，会员60.21万个;组建综合服务社133347个，庄稼医院1.91万个，农机服务队3140个;建立的商品基地8206个，联结农户441.2万户，帮助农民实现收入101.55亿元。这些都成为供销合作社服务“三农”的有效载体，供销合作社的基层组织基础也显著扩大。 
    党的十六届五中全会提出了“建设社会主义新农村”的重大任务，给当前基层供销合作社的发展指明了方向。为切实加强基层社建设，巩固并扩大供销合作社的组织基础，总社出台的《关于加快发展基层供销合作社全面参与社会主义新农村建设的意见》，提出“十一五”期间在全系统开展“千社千品”富农工程和“一社两店入村服务工程”，充分利用基层供销合作社的组织、网络和人才优势，采取切实有效的措施，提高农产品的附加值，改善农村消费环境，主动参与农村社区建设，促进农业生产和农民增收，在社会主义新农村建设中做出新的更大的贡献。