全国卫生工作会议于
2007年将围绕建立基本卫生保健制度，研究制定医药卫生体制改革方案。探索建立以公共卫生、农村卫生和城市社区卫生为基础、覆盖城乡居民的基本卫生保健制度；积极促进覆盖城乡居民、不同形式的医疗保险制度建设，构建中国特色的健康保障体系。进一步完善医疗机构分类管理，积极推动国家基本药物制度建设和药品购销体制改革。
在重大疾病防治方面，各级疾病预防控制机构将把工作重点转移到加强能力建设，提高人员素质和改善服务管理上来。进一步落实艾滋病、结核病、血吸虫病、乙肝等重大疾病防治措施，加强规划疫苗接种工作，落实重点地方病防治工作规划。建立公共卫生机构与医疗机构、农村卫生和社区卫生机构的合作机制，构建城乡公共卫生安全网。健全部门间和地区间联防联控机制，提高卫生应急能力，做好重大突发公共卫生事件防范和应急处置工作。
2007年将加快新型农村合作医疗制度建设，加快推进新型农村合作医疗，扩大合作医疗覆盖面，确保实现开展合作医疗的县（市、区）占全国县（市、区）总数80％的目标。
同时，2007年卫生部将规范医院管理，继续开展医院管理年活动，优化医疗执业环境，创建“平安医院”。
2007年将加强医疗卫生法制建设，积极做好《初级卫生保健法》、《精神卫生法》、《公共场所卫生管理条例》和《公共场所禁烟条例》等法律法规的立法工作。
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