合作医疗基金具有一定的公益性和福利性，既不同于社会保险，也不同于商业保险，正是合作医疗基金的这种特殊性决定了合作医疗基金运行管理的基本要求是公正、低成本。公正，要求该补的补到位，不应当的支出绝不支出；低成本，要求把管理费控制在一定幅度内。

　　一是实行资金专户管理、专款专用。严格实行收支分离，管用分开，封闭运行的基金安全管理办法。做到“财政部门管账不管钱，银行管钱不用钱，合作医疗管理办用钱不见钱”。形成医疗机构、合作医疗经办机构、财政部门和农业银行四方互相监督的基金运行机制，保障基金运行安全。

　　二是实行管办分离。卫生院具有提供医疗服务和管理合作医疗的双重职能，长远看，不利于合作医疗的可持续发展。卫生院的这种双重职能不利于控制医疗费用的不合理增长，使合作医疗基金随时面临着收支失衡的危险。我们不只一次地听到农户反映乡镇卫生院为增加收入，存在着有意拖延疗程、延长病人住院时间的做法。“管办分离”模式是将合作医疗经办机构和医疗机构分离，从理顺合作医疗管理体制上，保证合作医疗资金的安全运转。

　　三是实行“精细化”管理。在保证补偿公正方面，一是资金审批精细化；二是药费报销管理精细化；三是财务管理精细化。

　　四是建立计算机管理信息系统。

　　五是实行审计结果公告制度。审计调查共涉及８个方面：是否全面实行了新型农村合作医疗制度，是否建立了经办机构，配备了专兼职人员；是否按有关规定设置大病统筹基金和家庭账户；合作医疗基金是否按“三分离”办法执行，即收支分离、管用分离、用拨分离；补助标准和报销比例是否合理，是否体现了互助共济原则；财政补助资金是否按规定进大病统筹基金，有无挤占挪用问题；人工经费和工作经费是否与大病统筹和家庭账户分开核算，有无相互挤占问题；资金结余的真实性；管理制度的规范性等。

　　六是实行“阳光操作”，做到公开透明。要设立一块固定的永久性的新型农村合作医疗公示栏，由乡镇合作医疗经办机构提供上月本乡、村农民医疗费用的补偿情况。同时，要公布监督、举报电话，以及群众意见与反馈等情况。