玉树县新农合经办机构在地震中受到很大到损失，全县新农合经办机构有1台服务器、18台计算机，11台打印机受损，部分资料被压埋，县合管办主任母亲和儿子遇难，本人受伤，乡镇卫生院有2人遇难，2人受伤。许多人员家里房屋倒塌，财产被埋，家人遇难或受伤。为保证在过渡期开展正常的报销工作，县合管办工作人员忍着失去亲人的悲伤，顾不上自己家里倒塌的房屋和压埋的财物，在完成救灾任务的同时，抢救新农合设备和资料，职工从家里拿来计算机，在帐篷中核对参合资料，录入新年度数据，并从5月4日起恢复了全县费用报销工作，已为26人报销震前医药费用4.87万元。各乡镇卫生院也抢出了大部分资料，做好了开始垫付直报的准备工作。