新农合自2010年开始探索支付方式改革以来，各地区积极探索各种方式进行改革，按病种付费制是各地开展颇多的一种模式。试运行一段时间后也暴漏出诸多问题，下面就这些问题做如下分析：

　　1、因单病种付费测算方法复杂，不能穷尽所有的病种，使得医疗机构可能为规避风险把单病种转为非单病种，或者以发生了并发症的理由要求病人自付超出限额的部分，或者诱导患者使用目录外自费药品，来转移费用风险，农牧民自付费用过高，对新农合制度满意度降低。

　　2、为了增加收入，医生可能会诱导本可以门诊保守治疗的疾病患者做手术和住院，这不仅会增加患者的经济负担，还让患者增加不必要的手术痛苦。

　　3、为了增加住院人次，医院会设法让患者出院后再入院(即分解住院人次)，从而让住院人次一分为二，甚至一分为三，这样既增加了不合理的基金支出，也增加了患者的不合理医疗费用负担。

　　4、按病种包干费用后，因重症患者的住院时间长，费用高，为了回避费用超支风险大，医院常常会以种种借口推诿重症患者。