水溶肥中的有效菌数量，即活菌数是判断菌肥优劣的重要指标，一般以含活菌数每克达到2亿个以上的为好。活菌数与菌肥的母液或基质密切相关，如果基质含有较多的氮磷钾，活菌数就不可能太高，因为PH值的变化和基质的营养不足可能使有益菌不能存活。
另外，土壤水分和地温也是限制生物菌作用的重要因素。购买水溶肥时，一是要看品牌，如激抗菌968，三炬微生物菌剂，大源、三忠微肥等。二是看有益菌的含量，一般来说，活菌数越多越好。三是看出厂日期，半年期以内的比存放时间长的含量高。
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