水溶肥料最重要的施肥原则是少量多次，符合植物根系不间断吸收养分的特点，减少一次性大量施肥造成的淋溶损失。少量多次施用是水溶肥料利用率高的最重要原因。一般每次每亩用量在3-6公斤。
水溶肥料通常浇施、淋施或通过灌溉设备施用。特别在滴灌施肥条件下，根系生长密集、量大，这时对土壤的养分供应依赖性减小，更多依赖于通过滴灌提供的养分。对养分的合理比例和浓度有更高要求。如果水溶肥配方不平衡，会影响作物生长。
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