转基因作物的一个主要优点是它能让农民减少农药使用，而许多农药对人类或其它物种是有害的。转基因农作物确实有效的控制了庄稼的虫害，它们甚至保护了种植在附近地里的非转基因作物。根据发表在 PNAS 期刊上的一项研究，转基因作物帮助非转基因作物减少了农药使用。
　　昆虫学家和生态学家比较了新泽西、特拉华、马里兰和弗吉尼亚四个州在转基因玉米流行前后的农作物损失和农药使用，还比较了两种破坏蔬菜的飞蛾捕捉量，发现在 1996 年种植转基因玉米之后，菜地每晚捕捉的飞蛾数量减少了四分之三。飞蛾数量减少后，杀虫剂的使用也下降了。从 1992 到 2016 年，新泽西辣椒田杀虫剂使用量减少了 85%。