由于大棚内温度、湿度大，光照较弱，空气流动缓慢，几乎不受外界刮风、下雨的直接影响，蔬菜生长旺盛而且芽嫩，蔬菜易受病虫害。例：持续低温、高温，苗期易带病，叶面肥过量施用和植物生长调节剂樵花等易起茄子、番茄灰霉病。
在一天中温湿度情况：
１５至２５度相对湿度超过８５％以上８天，番茄易得灰霉病。
１５至２０度相对湿度超过８０％以上２天，番茄疫病易严重发生。
２０至３５度高湿２天，黄瓜霜霉病发生。
１５至２２度空气相对湿度超过９０％以上，易发生黑星病。
大棚１６至１８度土壤潮湿时，久雨后遇干旱或时雨时晴易发生枯萎病。
灰霉病喜低温、高湿环境。特别是在冬季大棚中湿度大，温度低的，重茬连作，栽培密度大，该病易流行。最适宜感染病期为始花至坐果期。
发病潜育期一般是５至７天，空气相对湿度６０％时不利于病害的发生。大棚蔬菜主要病害：枯萎病、青枯病、疫病、白粉病、灰霉病、猝倒病、病毒病、根结线虫病、霜霉病等。
主要害虫：蚜虫、小菜蛾、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾、瓜绢螟、美洲斑潜蝇、红蜘蛛等。
具体防治措施：
１、大棚闲期，１亩施用４０公斤石灰氮，翻耕、灌水、盖地膜闭棚７至１０天（石灰氮ＣａｃＮ２遇水分解后生成液体氰胺与气体氰胺，对土壤中的真菌、细菌和线虫等有广谱性杀死作用）。对猝倒病、黄瓜枯萎病和番茄青枯病、疫病、西瓜根结线虫病等有良好防治效果。同时，通过高温处理，对土壤中的虫卵有较强的杀伤力，特别是小昆虫，如斑潜蝇、红蜘蛛等虫卵得到根除。
镰刀菌、菌线生长的最适温度为２５度，致死的温度为５４度。
高温高湿防治黄瓜霜霉病和黑星病的最佳温度为４５度１天，４０度为２天，相对湿度８０％以上。
２、用高锰酸钾１０００至１５００倍稀液，喷施土壤，对土壤中多种病菌有扼杀作用。在土壤保持田间持水量６０％以上的情况下，使用利得百菌清等专用杀菌烟剂，闭棚５至７天，对杀伤土壤病菌效果较好。
３、节水灌溉技术，控制大棚湿度。
４、用嫁接苗，可有效防止土传性病菌害，有效防止根结线虫病菌为害。
５、用化学防治：
（１）青枯病：用农用链霉素等。
（２）早疫病和灰霉病：百菌清＋７２％杜邦克露６００～８００倍稀液。
灰霉病易产生抗药性，要注意交替轮换用药。
（３）霜霉病：发病初期选用５０％安克可湿性粉剂３００倍，或用７２％杜邦克露可湿性粉剂８００于１０００倍稀液。
细菌性番茄软腐病防治应注意以下几方面：①污染灌溉水（露地蓄水池）；②人为伤口、伤口愈合，前茎、生菜、莴苣等残留；③昆虫传播。
（４）炭疽、白粉病：７０％甲基托布津可湿性粉剂５００倍等。
（５）虫害防治：
蚜虫、蓟马用１０％吡虫啉可湿性粉剂２５００倍。
瓜绢螟、斑潜蝇用４８％乐斯本乳油１０００倍液喷雾防治。
斜纹夜蛾用１５％安打浮液３５００倍喷雾防治。
小菜蛾用菜喜防治等。
红蜘蛛可用克螨特１０００倍。
斑潜蝇用阿阿维菌素２５００倍液防治。
根结线虫病可用百铃２０００倍淋根。
６、目前大棚病害发生有上升趋势，应注意早期预防。
（１）西、甜瓜：枯萎病、炭疽病、白粉病。
（２）番茄：青枯病、叶霉病。
（３）黄瓜：霜霉病、菌核病。
（４）春大白菜：软腐病。
７、识别大棚主要生理性病害。
（１）缺钙；（２）缺硼；（３）缺镁；（４）肥害；（５）药害；（６）湿害。