农民专业合作组织是以农民为主体，自我管理、自我发展、自我服务的组织。“民办、民管、民受益”是其内部管理基本原则，不论其具体形式是专业合作社还是专业协会，在内部管理上，都要做到以下八方面。

在资质上：经区县农业主管部门批准或民政、工商管理部门登记注册；有公章、有牌子，有管理部门的批准成立文件。

在办公场所上：办公用房固定、环境整洁，登记证书、章程、制度等要上墙；要有满足需要的办公设施。

在机构建设上：要经民主选举产生理事会、监事会、理事长、监事长；设置工作职能部门。

在组织章程上：要体现“民办、民管、民受益”原则；明确产权关系和利益分配机制；章程必须经成员大会或成员代表大会表决通过。

在制度建设上：最基本的要制定四项制度：成员大会制度、民主管理制度、财务管理制度、部门责任制度，合作社还要制定利润返还制度。各项制度要经理事会酝酿议定，成员大会或成员代表大会讨论决定。由成员代表大会讨论决定的各项事项要通过适当形式告知全体成员。

在财务管理上，要设置财会人员，单独建帐，单独开设银行帐户。妥善保管财务资料。

在成员管理上：凡是合作组织的社员，都要发放社员证，证书内容要规范，能体现社员或会员身份。组织要建立社员或会员管理台帐，与社员证配套使用。

在档案管理上。要设立专门的档案柜，按年度把各项资料，如：各项登记注册文件、理事会和监事会的年度报告、各种表决记录、各项活动记录等订卷妥善保管。