为了扩大经营规模，获得大量资本，增强市场竞争力，合作社之间出现持续的合并与联合浪潮。

合作社越来越重视纵向一体化。农业合作社的纵向一体化，不仅包括农业生产资料供给合作与农业生产的一体化，而且还包括农业生产合作与农产品营销、深加工合作的一体化。后者是近年来农民合作社纵向一体化的主要标志。

90年代以来，许多合作社，尤其是那些介入农产品深加工领域的合作社的组织结构发生了深刻的变革。一种形式是传统的合作社转变成新型的有限责任公司，这种公司的股份，有的完全由原合作社成员控制，有的则吸引了外部的股份。另一种形式是引入可交易股份，它包括允许在成员内部转让的股份和允许非成员拥有的股份。还有些“新一代合作社”采取有限社员资格、购买交易权限等措施，以追求较高附加值和成员收益。

由于市场竞争压力，合作社与其成员之间越来越呈现商业化交易态势，普遍运用严格的成本核算原则。合作社对社员提出越来越严格的交货条件，以确保产品质量，这种控制在纵向一体化的合作社中尤为明显。

合作社与非成员、非成员企业的交易日渐增多。

传统的成员控制模式正逐渐为专业的管理控制所代替，特别是在那些规模大、综合经营的合作社中。

在适当控制集体资产的比重的同时，许多合作社积极拓展新的融资手段，如引入成员参股证和债券；集体资产量化到个人；传统合作社转变为新型的有限责任公司等。

各国有关合作社制度的法律规定，正在朝更自由、更宽松的方向转变，更加强调合作社自我规制。近年来，立法和规章中的自我规制在许多西方国家已经成为一种潮流。