《若干意见》提出了做好农民工工作的指导思想，最主要的是“三个坚持”和“三个建立”。“三个坚持”，即坚持解放思想，实事求是，与时俱进；坚持从我国国情出发，统筹城乡发展；坚持以人为本，认真解决涉及农民工利益的问题。“三个建立”，即逐步建立城乡统一的劳动力市场和公平竞争的就业制度，建立保障农民工合法权益的政策体系和执法监督机制，建立惠及农民工的城乡公共服务体制和制度。

《若干意见》提出做好农民工工作的基本原则是：公平对待、一视同仁，强化服务、完善管理，统筹规划、合理引导，因地制宜、分类指导，立足当前、着眼长远。在这40个字中，最重要的是公平对待、合理引导。公平对待，就是要对进城农民工与城市职工同等看待，使他们享有平等待遇和权益。这是坚持以人为本、促进社会公平和正义的具体体现。合理引导，就是要坚持“两条腿走路”的方针，既要积极引导农民进城务工，又要大力发展乡镇企业和县域经济，着力扩大农村劳动力在当地转移就业。这样，才能确保农村劳动力的合理流动，防止大量农民工盲目涌进城市特别是大城市。