1、当事人申请。土地承包合同当事人持双方同意调解的协议并交付土地承包合同文本以及相关的证据材料，供主持调解的农村经营管理部门掌握情况。当然，在一方向该部门反映情况时，该部门在征得其他当事人同意之后，也可以开始行政调解。2、农村经营管理部门受理。如果土地承包合同当事人提供的材料齐全又在农村经营管理部门的法定权限范围内的，即可被受理。3、进行调解。主持调解的农村经营管理部门依据自由、自愿、平等、合法的原则，分清双方的是非责任，然后促成当事人达成调解协议。4、农村经营管理部门制作调解书。调解书写明当事人的名称；合同纠纷的主要事实；当事人各方的过错责任；达成调解协议的内容；最有由当事人签字，调解部门盖章。