培育新型农业经营主体的过程主要面临土地流转缺乏规范，新主体缺乏政策扶持，导致家庭农场等新型主体难长大；社会化服务、基础设施配套、融资困难等问题也阻碍新型农业经营主体的发展。

土地流转缺乏规范稳定性差，新型农业经营主体壮大缺乏基础。新型农业经营主体要扩大规模进行再生产，都希望土地流转能够规范、稳定和集中连片。虽然目前建立了土地流转程序、规范流转合同文本，但在实际操作中仍存在着不规范的现象。当前土地仍然承担着社会保障和就业缓冲功能，劳动力的大量转移只能为土地流转和集中创造必要条件，而非充分条件，相当多的农民不愿意把土地流转给他人耕种，造成“有田不想种，想种没有田”的现象。

新型农业经营主体缺乏相关政策扶持。以合作社为例，农业部门对合作社缺乏有效的监督制约手段，造成部分合作社发展质量不高。按照现有政策，农业龙头企业和农民专业合作社的办公设施、产品加工和仓储、农机具的存放等生产辅助设施建设用地无法获得批准，导致储藏粮食的仓库和储备农业生产资料的库房紧缺。

组织运行不太规范。当前的新型农业经营主体只注重了发展，轻视了监管。如农民合作组织只有三分之一在发挥作用，三分之一没有发挥带动作用，还有三分之一根本就是空牌子，甚至有一些是为了骗取国家的项目支持而成立。

农业基础设施配套和社会服务滞后。新型农业经营主体由于扩大经营规模，需要平整土地、挖掘水渠、兴修机耕道和晒场等，基础设施投入较大、回报周期长，一些具有公共物品属性的投入严重不足，与此同时，“重建设、轻管理”的现象突出，大量农业基础设施无法发挥作用。