根据《重庆市农业产业化市级龙头企业申报认定及监测管理办法》，申报认定重庆市级龙头企业应采取如下程序：

企业向所在区县农业产业化主管部门或市级企业主管部门提出申请；

区县农业产业化主管部门或市级企业主管部门组织专业人员对企业所报材料的真实性进行审核；

区县农业产业化主管部门和市级企业主管部门依据审核结果，按规定正式行文向市级农业产业化主管部门推荐，并附审核意见和相关材料；

市级农业产业化主管部门收集汇总后，委托有资质的中介机构对各地推荐的企业进行评审；

中介机构评审结果报重庆市农业委员会主任办公会审定后，面向社会公示；

公示结束，对符合条件的企业以中共重庆市委农村工作领导小组名义发文公布，并颁发重庆市农业产业化市级龙头企业证书和匾牌。