土地流转进展不平衡。由于各地区乡镇间经济发展水平、自然条件差异，受农民思想观念和土地流转价格影响，不同地区的土地流转工作进展不平衡。经济发展较快的地方，土地流转的比重高于经济较落后地方，城郊区土地流转比边远乡村多；集中连片，具有发展农业产业化、规模化的条件，土地流转率相对较高；而地势复杂、人均耕地数量不多、零星分散的地方，流转率则较低。

土地流转机制不完善。目前，大多数乡镇农村土地流转平台并未建立，土地流转信息不畅，出现农户有意转出土地却找不到合适的流入方，而需要土地的流入方又难以找到有流转土地意向的农户，造成农村土地转入转出两头难。

土地流转不规范。土地流转不规范主要表现以下几个方面：一是口头协议多，缺少书面资料，导致责权利不清，容易引发土地纠纷；二是部分承包农户不经发包方同意，私自流转土地，未按规定报批或备案；三是部分基层干部干预、强迫承包权人流转，不尊重农民的意愿。

土地非农化。十七届三中全会的《关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》对农村土地使用权流转制定了“不得改变土地集体所有性质，不得改变土地用途，不得损害农民土地承包权益”的三个原则，明确了土地用途不能改变。但事实上，有些地方土地流转后，土地不是用于种植粮食作物，而是变成了非农建设用地，租赁者在耕地上建设永久性建筑物，有的甚至建造工厂，从根本上改变了土地的农业用途。而一些地方政府也往往出于发展经济的考虑，并未进行严格查处。

土地流转监管缺位。土地流转监督机构不健全，导致对土地流转监管缺位。一些乡镇甚至没有专人负责土地流转管理工作，对土地流转放任自流，流转行为无人监管，致使土地流转纠纷无人受理，农民合法权益得不到保护。