农民专业合作社与一般企业的区别在于：农民专业合作社以谋求、维护和改善成员利益为目的，成员的需要是合作社存在的主要目的。而一般企业则追求投资者的资本收益最大化，并不以为特殊的对象服务为目标。农民专业合作社一般以劳动联合为基础，联合起来的劳动者是主体。虽然专业合作社也出资或采取入股联合的形式，但资本的联合从属于劳动的联合。一般来说，专业合作社的成员既是资产所有者，又是服务对象，实现了资本与劳动的直接结合。而一般企业中，资本是主体，资本与雇佣劳动的对立依然存在。公司制是资本所有者的联合，是资本的集中，是私人资本通过联合转化为社会资本的一种方式，而且股东并不一定从事企业的生产经营。农民专业合作社一般由使用者成员均衡持股，即使股份有差异，也有限制。一般不允许非成员持股。而一般企业可以差别持股，也没有限制，特别是股份制企业，股东基本上不是本企业的使用者。农民专业合作社实行“一人一票”制，成员是以平等的身份参与企业的决策与经营。而一般企业实行“一股一票”制，大股东可以通过购买股票掌握企业股份控制额，从而左右企业的经营决策，股东之间是不平等的。农民专业合作社成员投入到合作社的资产，性质上仍属于成员所有，退社时可以依法带走；合作社存续期间盈余积累形成的财产，本质上是成员的劳动所得，量化给成员。而股东投入资产后，只取得一个份额，即股权，股东只能以转让股份的形式退出。农民专业合作社按交易量分配为主，股金一般不支付红利，即使是成员扩大投资的资本，也只能获得有限利息。而一般企业的分配以股份的多少分红，即按资分配。