卫生部通报，最新统计数据显示，2009年新农合筹资总额达944.35亿元。其中，中央财政补助资金269.62亿元，地方财政补助资金471.98亿元，农民个人缴费194.17亿元（含相关部门为救助对象参合缴费9.17亿元），利息收入及其它8.58亿元。全国实际人均筹资水平为113.37元，比2008年提高了17.12元。
    新农合基金支出总额为922.92亿元，基金使用率为97.73%。其中，住院补偿支出762.47亿元，门诊补偿支出121.81亿元，特殊病种大额门诊补偿支出11.90亿元。部分地区出现超支情况。
    2009年全国参合农民受益7.59亿人次。其中，住院补偿0.62亿人次，门诊补偿6.7亿人次，特殊病种大额门诊补偿0.05亿人次。统筹基金最高支付限额提高到当地农民人均纯收入的6倍左右，初步统计政策范围内住院费用报销比例已达到55%。
    全国三分之一的地区开展了门诊统筹工作，陕西、安徽、云南等地开展支付方式改革试点，浙江、广西等地启动地市级统筹试点，目前各项试点工作进展顺利。