农民专业合作经济组织法是市场主体法，不是行政管理法。框架结构中设置行政指导机关这一条款，没有体现甚至违背市场主体法的根本要求，偏离了立法的根本方向。 
　　一、从立法动因来看，农民专业合作经济组织法的主要任务是明确该组织市场主体地位 
　　近几年，各种形式的农民合作经济组织发展很快，但是由于没有明确的法律地位，没有取得市场主体应有的权利，严重制约了此类组织的发展。长期以来，许多人大代表、政协委员和社会各界，都在呼吁尽快起草这方面的法律，为该类组织“树名份、立户口”。此次立法，就是适应这种需要，赋予农民合作经济组织应有的法律地位，使其享有与其它市场主体（公司、企业等）一样的权利，并充分享受国家的扶持政策，积极组织农民参与到农业产业化发展之中。不能一厢情愿地为这种组织的发展来指定某个主管机关来负责，这实际上是给农民专业合作经济组织找了个“婆婆”，忽视了农民专业合作经济组织迫切发展的根本要求，反而可能会给其带上“紧箍咒”，束缚其自然发展，偏离了立法初衷。 
　　二、从法律分类上来讲，农民专业合作经济组织法是市场主体法的范畴，不需要确定专门的行政指导机关 
　　依法学理论，农民专业合作经济组织法应当与公司法等民商事主体法律一样，本质上属于私法，是一部市场主体法，而不是行政管理法。在市场经济条件下，市场主体是独立和自由的，只要它的行为不违反国家的强制性法律规定，就不应受到任何部门和个人的干涉，特别是不应受到拥有强制手段的政府部门的任意干预。本法不需要也不应为农民专业合作经济组织指定专门的行政指导机关，这种通过行政手段来指导（在实际操作中肯定变成管理）农民专业合作经济组织的行为，往往会因为行政权力的膨胀和农民专业合作经济组织的弱势地位，演变成对其正常经营的干预。这既有违意思自治的私法基本原则，也与政府职能转变的目标相违背。 
　　三、从立法实践来看，市场主体都没有指定行政指导机关 
　　我国现有的市场主体有，自然人、个体工商户、合伙、企业、公司，相应的立法中都没有指定行政指导机关。国外市场经济国家的立法，也没有为市场主体指定行政指导机关。在有合作社立法的国家，也没有为合作社指定行政指导机关的先例。 
　　不设立行政指导机关，并不意味着国家就不对市场主体进行管理。将设置行政指导机关等同于国家的管理，是一种计划经济体制下的思维。我们放开企业，放开公司，并没有天下大乱，相反这些企业发展的更好。我们现在有工商、税务、质检、卫生、公安、交通等职能部门，只要制定相应的法律法规，只要各个职能部门都能依法行政，市场主体就不会出乱子。所以，不能一讲政府对市场的管理，就意味着要设置一个主管部门，这是与市场经济改革背道而驰的。 
　　四、从历史教训看，不应指定行政指导机关 
　　应该说，毛主席在完成土地改革，实现耕者有其田的基础上，通过合作化的方式发展和壮大农村经济的路子是正确的。但关键问题是没有坚持用合作制原则来推行，而是采用强有力的行政手段加以实施，使得这种发展严重偏离合作制的方向，最终导致农业和农村经济几近崩溃。这个教训是很惨痛的。当前，有些地方不尊重农村生产力发展和农民专业合作经济组织自身发展的规律，不尊重当地资源优势和农民实践的创造，不坚持以市场为导向，而是操之过急，发展农民合作经济组织一哄而上；有些地方政府为片面追求政绩，搞包办代替，把农民专业合作经济组织搞成官办的组织，“民办、民管、民受益”的基本原则束之高阁，不充分尊重农民专业合作经济组织的经营自主权和财产所有权，侵犯农户的资产。特别是在目前行政体制改革尚未到位，地方财政不能完全足额支付行政开支的情况下，设立行政指导机关无疑将会变成这些行政机关创收的合法手段，加重农民合作经济组织不应有的负担，把一些合作经济组织扼杀在重负之下。如果此次立法不坚持市场主体法的原则，过于强化行政管理的作用，无疑会助长这些歪风邪气的蔓延，到头来，又重蹈人民公社的覆辙。